เลขาธิการคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ ทำหน้าที่เป็นผู้บังคับบัญชา บริหารจัดการสำนักงาน ภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการบริหารสำนักงาน
ปัจจุบันมีรองเลขาธิการ 4 คน แต่งตั้งโดยเลขาธิการฯ และมีเจ้าหน้าที่ประจำในฐานะพนักงานของรัฐจำนวน 39 คน และมีพนักงานสัญญาจ้าง 16 คน รวมมีพนักงานทั้งสิ้น 55 คน
สช. มีพันธกิจสำคัญคือการสนับสนุนกระบวนการพัฒนานโยบายสาธารณะเพื่อสุขภาพอย่าง มีส่วนร่วม โดยใช้ยุทธศาสตร์ “สามเหลี่ยมเขยื้อนภูเขา” ซึ่งใช้คติการทำงาน “สานพลัง สร้างสุขภาวะ” ในการขับเคลื่อนสังคม
สช. มีผลผลิตสำคัญคือ “ธรรมนูญว่าด้วยระบบสุขภาพแห่งชาติ” ซึ่งเป็นแนวนโยบายและยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพของชาติ มีกระบวนการสมัชชาสุขภาพ กระบวนการประเมินผลกระทบต่อสุขภาพจากนโยบายสาธารณะ กระบวนการส่งเสริมสิทธิและหน้าที่ด้านสุขภาพ และการขับเคลื่อนสังคมสุขภวะด้วยยุทธศาสตร์เมืองไทยหัวใจมนุษย์ เป็นเครืองมือ
สถานที่ตั้ง : สำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ ชั้น 3 อาคารสุขภาพแห่งชาติ 88/39 ถ.ติวานนท์ 14 ม. 4 ต.ตลาดขวัญ อ.เมือง จ.นนทบุรี 11000
